岐黄学院采用学院制与书院制相结合的“双院制”管理模式。学院建设以育才为主，关注学生的专业教学及学术研究；书院建设以育人为主，关注学生的课外活动及人格养成。学院与书院的模式相辅相成，育人与育才的理念统一发展。

 书院制教育是中国高校教育改革的一种积极探索和有效尝试，是实现通识教育和专才教育相结合的一种学生教育管理制度。书院制强调立德树人、以德为先、全员导师制、全环境育人、以学生为中心、激发学生主体性、主体协同联动，是探索新形势下“三全育人”机制和平台建设的新成果。岐黄书院教育通过加强通识教育课程和环境熏陶，拓展学术及文化活动，鼓励不同专业背景的学生混合住宿、互相学习交流。目前已在和平街校区打造“思政+、学术+、创新+、文化+、身心+”五个功能的住宿型社区，学生践行“自我管理、自我教育、自我服务”。

 住宿型社区不仅是学生生活的空间，更是文化和教育的空间，在传授专业知识的同时，打通中国传统文化中的文、史、哲，融合人文科学和自然科学，在潜移默化中提高学生的素质涵养和人格精神。